Dataset med 3D-foraminifera för att avslöja miljöförändringar i Östersjöns inlopp under de senaste 200 åren

Dataset med 3D-rekonstruktioner av foraminifären Elphidium clavatum (marin protist med kalcitskal) som förvärvats vid Beamline BL 47XU, SPring-8 synkrotronanläggning (Japan). En voxelstorlek på 0,5 µm användes. Totalt skannades 124 exemplar av Elphidium clavatum. För varje exemplar finns följande filer tillgängliga: en samling råbilder (mappen "cropped"), en samling binära bilder (mappen "mask"), en 3D-rekonstruktion (STL-fil) och två ögonblicksbilder av 3D-rekonstruktionen. Sedimentkärnor samlades in 2013 under en kryssning med R/V Skagerak vid Öresundsstationen DV, norr om ön Ven (55°55,59′ N, 12°42,66′ E). Från sedimentkärnan valdes 16 sedimentlager ut som representerar de senaste 200 åren (dvs. ungefär åren ~2013, ~2010, ~2005, ~2002, ~1993, ~1986, ~1978, ~1960, ~1939, ~1923, ~1906, ~1890, ~1873, ~1857, ~1840 och ~1807). Mellan fem och tio exemplar av Elphidium clavatum valdes ut från varje lager. Datamängden är en del av studien som utforskar 3D-tidsserier av mikrofossil som registrerar miljöförhållanden i Östersjöns inlopp från den tidigindustriella perioden (1800-talet) till nutid (2010-talet). Datasetets storlek är 57 GB. Kontakta huvudförfattaren för ytterligare information. 124 exemplar av Elphidium clavatum från 16 sedimentlager skannades. För varje exemplar finns följande filer tillgängliga: en samling råbilder i TIF-format (mappen "cropped"), en samling binära bilder i TIF-format (mappen "mask"), en 3D-rekonstruktion i STL-format och två ögonblicksbilder av 3D-rekonstruktionen i TIF eller PNG-format. En voxelstorlek på 0,5 µm användes. Data för varje exemplar finns i mappar namngett på följande sätt: DV(sedimentdjup i cm)-sp(exemplarnummer)-(beräknat år), t.ex. ”DV1-sp2-2013” (sedimentdjup: 1 cm, exemplar nummer 2, beräknat år 2013). Exempel på lämpliga program för att öppna filerna inkluderar ImageJ och MeshLab. Antal filer totalt: 69 652 (plus en readme-fil med dokumentation) Antal mappar totalt: 390 Datasetets storlek: 57,1 GB